《仙剑奇侠传二》故事发生在一代的8年之后，剧情紧接一代，围绕王小虎、苏媚、沈欺霜、李忆如展开，讲述四人交织出一段错综复杂的故事。一代的主角以及全新人物在二代中出现，交待了前后两代发生过以及即将发生的感情恩怨纠葛。本作首次出现了御灵、虎煞、阵术、养蛊、喂毒等多种战斗和养成系统，战斗采用45度视角斜向以及全动态同步回合制的攻防方式。
故事——剧情延续初代仙剑

道消
仙剑新掌门李逍遥，武功天下第一，御剑行侠仗义；峨眉仙侠清柔真人，坐下仙霞五奇，四处除魔卫道；得道高僧千叶禅师，广纳门徒，传道布施，救灾救人；
是合作？是冲突？正道之间暗藏危机……

魔长
锁妖塔崩毁，万千妖魔尽出；二魔器现世，人间再掀波澜；
掌旗使孔璘，重整魔族势力；有阴谋？有意图？
最大灾祸即将降临……

乱世情
长大后的王小虎，踏入这纷乱的江湖，个性正直的他，会与可爱的忆如、美艳的苏媚以及清丽的欺霜，交织出怎样的一个故事呢？
御灵——精彩战斗最佳帮手
李忆如自小就不喜欢武刀弄枪。但是，忆如在闯荡江湖的路上，结交了许多「与众不同」的朋友，在她冒险的过程中提供帮助。只不过这些朋友不是山精水怪，就是神仙人鬼，总称为「灵」。
「御灵」是提供给忆如专用的系统，在战斗中可以「请」出1～2位「灵」来帮助战斗，除了攻击敌人之外，「灵」还可以辅助攻击或帮忙防御。不过忆如无法直接对「灵」下达指令，只能告诉它们行动的方向，经过一段时间的同甘共苦后，「灵」会越来越清楚忆如的需要，进而提供适当的帮助。「灵」也会有成长，越常被忆如请出的「灵」成长的速度会越快，可以使用的招式与行动方针也会增加。

炼蛊——蛊后养殖乐趣无穷
「蛊」是仙剑奇侠传系列的特色物品，其功能涵盖了补血、补气、复活、攻击、提升能力、迷宫脱出等等，仙剑奇侠传二更将蛊虫的种类拓展到数十种。要获得这些蛊虫，最重要的取得途径就是「蛊后」。蛊后经由玩家以蛊虫、可食的道具喂养后，将孕化出各种功能的蛊虫。喂养的食物不同，蛊后便有不同的成长，进而影响了蛊后的属性、外表，甚至其所产下的蛊虫种类以及质量优劣。

一般来说，蛊后拥有「青」、「赤」、「紫」三种属性数值。当玩家喂养某种物品或是蛊虫时，这三种数值将会有不同程度的增减，直到某种属性数值超过临界点后，蛊后便会进行蜕变，成为「青蛊后」、「赤蛊后」或「紫蛊后」，此时蛊后产下蛊虫的速度与质量将会有所提升。不过这只是初阶段的蜕变，后面还会有数个阶段的蜕变，这就得要靠玩家来发掘了。